北海道開発局が所管する港湾、漁港でも被害が太平洋側を中心に、防波堤や岸壁の破損、泊地の埋没などの被害が確認されました。 　
　浜中町の霧多布港では、津波によって地盤が削られ、護岸が約500メートルにわたり倒壊しました。
　また、厚岸漁港や豊頃町の大津漁港など太平洋側の漁港でも港の施設に被害が発生しました。 　
　これらの港湾、漁港については、施設の使用に支障がでているところもあるため、漁業活動などへの影響が最小限にとどめられるよう早期の復旧に努めていきます。

　津波漂流対策施設、通称津波スクリーンとは、津波によって、車両などが漂流物になって港内に流入したり、係留している小型船舶などが市街地に流入するのを防ぐためのものです。津波の危険が高い道東の3港湾（釧路港、十勝港、えりも港）に整備されています。
　右写真は釧路港南地区に設置されている津波スクリーンです。